Ketua Jurusan : Drs. H. A. Tubagus Surur, M.Ag.
Sekretaris Jurusan : Agus Fakhrina, M.S.I.
Jurusan syari’ah merupakan jurusan tertua di STAIN Pekalongan di mana keberadaannya adalah warisan dari IAIN Walisongo yang memiliki fakultas cabang di Pekalongan. Dalam perkembangannya, Fakultas Syari’ah tersebut mengalami perubahan status dari fakultas cabang menjadi fakultas madya (fakultas yang berdiri sendiri pada tahun 1982). Perubahan ini membawa implikasi terhadap penyelenggarakan pendidikan, yang semula hanya dapat menyelenggarakan pendidikan pada tingkat Sarjana Muda, menjadi mempunyai kewenangan untuk menyelenggarakan program sarjana (S-1). Fakultas syari’ah program S.1 di Pekalongan pada awalnya membuka jurusan Peradlan Agama (Qodlo), kemudian jurusan ini diubah dengan nama al Ahwal al Syahshiyyah sampai sekarang. Perjalanan Fakultas Syari’ah yang begitu panjang, akhirnya pada tahun 2007, ketika pemerintah mengeluarkan kebijakan bagi semua Fakultas IAIN Cabang untuk dijadikan STAIN ( Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri) maka Fakultas Syari’ah tersebut berubah menjadi Jurusan Syariah.
Saat ini Jurusan Syari’ah mempunyai empat program studi, yaitu S.1 Ahwal Syakhshiyyah, D-3 Perbankan Syari’ah, S.1 Ekonomi Syariah (konsentrasi Manajemen Keuangan Islam) dan S.1 Hukum Ekonomi Syariah.
A. Program Studi Hukum Keluarga Islam (Akhwal Syakhsiyyah)
Ketua Program Studi : Dr. Akhmad Jalaludin, M.A.
Program studi Hukum Keluarga diampu oleh para akademisi dan praktisi yang ahli di bidangnya. Pendidikan dan pengalaman yang cukup, baik dalam negeri mapun luar negeri, serta berpendidikan Magister (S.2) maupun Doktor (S.3). Agar terbentuk sarjana hukum Islam yang memiliki kompetensi tinggi, para mahasiswa program studi Hukum Keluarga tidak hanya dibekali dengan teori-teori hukum Islam dan hukum umum (hukum positif), melainkan ditradisikan juga dengan praktikum yang sangat memadai.
B. Program Studi D3 Perbankan Syari'ah
Ketua Program Studi : Ahmad Rosyid, S.E., M.Si., Akt.
Program Studi Perbankan Syari`ah cukup mempunyai prospek kerja yang relatif terbuka lebar bagi para lulusannya (outcome). Bahkan saat ini dunia “Perbankan Syari`ah” sedang menemukan momentum yang sangat baik, dimana MUI Pusat telah mengeluarkan fatwa kepada umat Islam bahwa bank konvensional itu sudah diwarnai oleh riba yang dilarang dalam ajaran Islam. Umat Islam memerlukan institusi perbankan yang bebas dari praktek-praktek ribawi. Disisi lain, harapan dan keinginan umat Islam ini tidak akan terwujud dengan baik, tanpa adanya dukungan dari Sumber Daya Manusia (SDM) yang memadai untuk menangani dan mengelola dunia perbankan Islam. Program Studi Perbankan Syari'ah (PbS) diampu oleh para akademisi dan praktisi yang ahli dibidangnya. Pendidikan dan pengalaman yang cukup, baik dalam negeri maupun luar negeri, serta berpendidikan Magister (S2) dan Doktor (S3).
C. Program Studi Ekonomi Syari'ah
Ketua Program Studi : Dr. Susminingsih, M.Ag.
Program Studi Ekonomi Syari`ah STAIN Pekalongan dibuka mulai Tahun Akademik 2005/2006. Program studi ini didirikan untuk mencetak para ekonom dan akademisi Muslim yang diharapkan mampu mengawal dinamisnya perkembangan ekonomi Islam di Indonesia. Program studi ini sabagai jawaban atas pesatnya perkembangan ekonomi syariah di Indonesia maupun mancanegara.
D. Program Studi Hukum Ekonomi Syari'ah
Ketua Program Studi : Mohammad Fateh, M.Ag.
Program Studi Hukum Ekonomi Syari’ah STAIN Pekalongan dibuka mulai Tahun Akademik 2014/2015. Program studi ini didirkan untuk mencetak para ahli hukum ekonomi syari’ah memiliki kemampuan tinggi dalam pemikiran teoretis dan penerapannya.