Dalam upaya memberikan arah, motivasi dan kekuatan gerak langkah segenap civitas akademika, STAIN Pekalongan memiliki visi, misi dan tujuan sebagaimana layaknya sebuah lembaga pendidikan.
Visi STAIN Pekalongan adalah :
"Pelopor Perguruan Tinggi Agama Islam Berbasis Riset Menuju Kampus Rahmatan Lil 'Alamin"
Adapun Misi STAIN Pekalongan adalah :
1. Menyelenggarakan pendidikan Islam berbasis riset untuk mewujudkan perubahan sosial yang berkeadilan.
2. Menyelenggarakan penelitian, pengembangan ilmu, teknologi, seni dan budaya untuk mewujudkan masyarakat yang mandiri, berkualitas dan bermartabat.
3. Berperan aktif dalam penguatan dan pemberdayaan masyarakat.
Sedangkan Tujuan STAIN Pekalongan :
Terselengaranya pengelolaan pendidikan dan pengajaran yang menjawab kebutuhan stakeholders dan lebih berorientasi pada learners.
