Bendera:
- bendera Institut berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya;
- bendera Institut berwarna dasar hijau tua (kode gradasi #284C33), melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional;
- di tengah-tengah bendera Institut terpampang lambang Institut; dan
- dibawah lambang bertuliskan IAIN PEKALONGAN.
:: Arsip lama : Bendera STAIN Pekalongan
