Pekalongan - Bidik misi merupakan program bantuan penyelenggaraan pendidikan dan biaya hidup bagi mahasiswa yang memiliki potensi akademik baik, namun tidak mampu secara ekonomi. Tahun ini, menurut Ketua STAIN Pekalongan melalui Wakil Ketua I bidang Akademik dan Pengembangan Lembaga, Moh. Muslih, Ph.D., bahwa STAIN Pekalongan mendapatkan kuota bidik misi sebanyak 60 mahasiswa yang tersebar ke semua Program Studi yang ada. Yaitu Pendidikan Agama Islam sejumlah 8 mahasiswa, Pendidikan Bahasa Arab 4 mahasiswa, Pendidikan Guru Raudhatul Athfal 4 mahasiswa, Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah 4 mahasiswa, D3 Perbankan Syariah 4 mahasiswa, Ekonomi Syariah 8 mahasiswa, Hukum Ekonomi Syariah 4 mahasiswa, Hukum Keluarga Islam 4 mahasiswa, Akhlak Tasawuf 4 mahasiswa, Bimbingan dan Konseling Islam 4 mahasiswa, Ilmu Al-Quran dan Tafsir 4 mahasiswa, Ilmu Hadits 4 mahasiswa, serta Komunikasi dan Penyiaran Islam 4 mahasiswa. Jumlah ini meningkat tajam dibandingkan tahun lalu yang hanya mendapat kuota 10 mahasiswa.
Untuk memperoleh Bidik Misi tersebut, calon mahasiswa wajib mendaftarkan diri di STAIN Pekalongan melalui Jalur Seleksi Prestasi Akademik Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (SPAN-PTKIN). Pendaftaran dilakukan secara online via www.span-ptkin.ac.id mulai tanggal 28 Februari - 25 April 2015. Setelah dinyatakan diterima di STAIN Pekalongan, barulah calon mahasiswa bisa mengajukan pendaftaran kembali untuk mendapatkan Bidik Misi tersebut.
Selain Bidik Misi, STAIN Pekalongan juga selalu menganggarkan dana untuk beasiswa reguler bagi mahasiswa sebesar 1,2 Milyar pertahun yang berasal dari APBN dan juga beasiswa dari pihak swasta yang menjadi mitra STAIN Pekalongan selama ini.
Oleh karena itu, pihaknya berharap pihak SMA/ SMK/ MA di eks-karesidenan pekalongan segera mendaftarkan putra-putri terbaiknya di STAIN Pekalongan, mengingat waktu pendaftaran yang sempit. Karena ini merupakan tanggung jawab bersama untuk memperluas cakupan layanan pendidikan tinggi bagi penduduk usia produktif serta meningkatkan jumlah lapisan kelas menengah terdidik dalam rangka meningkatkan daya saing untuk memperkokoh struktur sosial-ekonomi dalam masyarakat yang berorientasi pada penguatan ekonomi nasional.