STAIN Pekalongan memiliki lambang yang terdiri dari unsur-unsur dengan inti pengertian sebagai berikut :
1. Bentuk lambang adalah garis lengkung membentuk lima sudut melambangkan sila-sila dari pancasila.
2. Dua bulu angsa yang pangkalnya berbentuk pena melambangkan keilmuan.
3. Konfigurasi kubah masjid yang dibentuk oleh lengkungan bulu angsa dan pita melambangkan ke-Islaman.
4. Kitab Al-Qur'an yang terbuka melambangkan dasar keilmuan Islam.
5. Garis 17 pada pita, garis 8 pada kitab Al-Qur'an dan garis 45 pada kedua belah bulu angsa melambangkan hari
kemerdekaan Indonesia.
6. Tiga simpul pada pangkal bulu angsa melambangkan kesatuan iman, Islam dan ihsan.
7. Warna dasar hijau daun melambangkan kedamaian dan warna kuning pada garis lengkung melambangkan
kemuliaan dan kebesaran jiwa.
Unduh lambang STAIN Pekalongan :